Embrio
STAI Al Husain telah ada sejak 17 Juli 2002 yang berupa SK Pengasuh Pondok
Pesantren Al Husain Magelang dengan nomor 087/YASAIN/VII/2002. Dalam SK
tersebut disebutkan bahwa STAI Al Husain mulai beroperasi pada tahun akademik
2003. Setelah adanya SK tersebut kemudian STAI Al Husain mendapatkan legalitas
dari pemerintah Indonesia berupa Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan
Agama Islam Nomor Dj.II/244/2003 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi
Tafsir Hadis Jurusan Ushuludin Program Sarjana (S1) STAI Al Husain yang
dikeluarkan pada tanggal 23 Juli 2003.
STAI
Al Husain pernah mengalami perpindahan pengelolaan. Dimana STAI Al Husain pada
awal berdirinya dibawah naungan Yayasan Al Husain, namun karena suatu hal
Yayasan Al Husain menyerahkan pengelolaan STAI Al Husain kepada Yayasan
Syubbanul Wathon. Bukti penyerahan ini dapat dilihat pada berita serah terima
Lembaga STAI Al Husain pada hari Rabu tanggal 21 September 2005. Dengan
demikian sejak tahun 2005 pengelolaan STAI Al Husain berada dibawah Yayasan
Syubbanul Wathon.
Jika
dilihat Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor
Dj.II/244/2003 adalah surat Izin Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis
bukan izin dari STAI Al Husain. Hal ini menjadi kendala pada saat STAI Al Husain
mengajukan akreditasi Prodi Manajemen Pendidikan Islam, karena yang diminta
oleh BAN-PT adalah izin STAI Al Husain.
Atas permasalahan tersebut maka, STAI Al Husain mengirimkan surat kepada
Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam dengan nomor 028/STA-AH/A.01/I/2019
tanggal 11 Januari 2019 tentang Permohonan kejelasan SK Pendirian Perguruan
Tinggi. Atas surat tersebut Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam
memberikan jawaban dengan nomor surat 802/DJ.1/Dt.I.III/HM.01/02/2019 bahwa SK
Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam nomor Dj.II/244/2003 tentang izin
Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis Jurusan Ushuluddin Program Sarjana
(S1) STAI Al Husain “merupakan Surat
Keputusan Pendirian Perguruan Tinggi Swasta dan tertera pada lama Forlap PDDIKTI
Kemenristek dan dinyatakan berlaku”. Dengan demikian Surat Keputusan
Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor Dj.II/244/2003 tentang Izin
Penyelenggaraan Program Studi Tafsir Hadis Jurusan Ushuludin Program Sarjana
(S1) STAI Al Husain juga merupakan surat izin pendirian STAI Al Husain.